有机农业生产设置林带作为缓冲带与周围普通生产隔离，设置天敌的栖息地，增加地表覆盖，增加氮的吸收和存储。有机种植中的投入品进行严格限制，应通过回收、再生和补充土壤有机质和养分来补充因作物收获而从土壤带走的有机质和土壤养分。不使用化肥和农药，降低化学生产的碳素。为了培育土壤永续生产力，提高碳汇，有机强调施用优质有机肥料、生物肥料、天然矿物肥料和生物农药，鼓励利用农畜废弃物制作堆肥，循环利用农业废弃物。

以作物秸秆栽培食用菌，收获食用菌后，菌渣中仍含有大量的活性微生物和食用菌丝以及未被吸收的营养物质和微量元素。因为其菌渣可以再次作为一个草生菇栽培料，实现一料两用两收获；或将菌渣经过一定的工艺发酵，可作为饲料蛋白质替代源，酌情选用来作为饲料或饲料添加剂，既可饲喂草食动物，也可饲喂肉食动物进入养殖业循环；又或菌渣直接还田、覆盖茶园和果园，使土壤疏松透气，增加土壤有机质的积累和有益微生物的繁殖，改善土壤环境条件；又或菌渣经过工艺处理制成有机肥，接种高温纤维菌可使菌渣堆内温度迅速上升至45℃以上，并可持续18～20 天，堆制成为有机肥，再次进入种植业。畜牧业产生的粪便等废弃物经过一定的加工处理成为有机肥，同样用于养殖种植业；种植业生产的秸秆饲喂草食动物，或经过加工后作为更多动物的饲料，形成养殖―沼―果(蔬)、秸秆―畜禽粪―食用菌―沼―肥―农田等低碳、绿色、高效、综合性的生态农业链。

在种养殖业发展过程中严格控制生产各环节，改进生产技术，利用可再生能源，生产有机农产品。有机农产品作为生产原料进入农产品加工领域，被提高产品附加值后进入贸易流通领域。种养殖业的废弃物在环保农资领域进行处理，一部分形成农资产品进入农业生产领域，一部分形成能源(沼气)改善农业生产。通过这样充分利用可再生资源的方式，有机农业将农业生态系统中养分和能量达到最佳结合，最为易行的土壤固碳方式。